Bei der Sonografie wird der Bauchraum mit Ultraschall-Wellen "abgetastet". Diese Wellen werden dann mehr oder weniger stark als so genanntes Echo zurückgeworfen. Das Sonografiegerät wandelt das Echo schließlich in ein Graustufenbild um, das Aussagen über Größe, Lage und Beschaffenheit der Organe zulässt. Ein erfahrener Untersucher kann so Verdickungen der Darmwand, Verengungen, Fisteln oder Abszesse erkennen. Auch Gallen- und Nierensteine, die bei CED-Patienten häufiger als in der Allgemeinbevölkerung auftreten, lassen sich identifizieren.

Die Untersuchung ist für den Patienten mit keinerlei Belastungen oder Unannehmlichkeiten verbunden, sie lässt sich schnell und einfach durchführen und kann beliebig oft wiederholt werden. Zur Erstdiagnose einer CED ist die Sonografie allein allerdings nicht ausreichend, sodass der Arzt stets weitere Untersuchungen anordnen wird. Bei bekannter Erkrankung lassen sich aber deren Verlauf, die Wirksamkeit einer Therapie und etwaige akute Komplikationen gut erfassen.