Beim Morbus Crohn kann sich die Entzündung auf alle Wandschichten des Verdauungstrakts ausdehnen. Es drohen daher Komplikationen im umgebenden Gewebe:

Eiter statt Gewebe - Abszesse
Abszesse entstehen, wenn sich Entzündungen in einem Gewebe abkapseln und dabei eitergefüllte Hohlräume hinterlassen. Sie bilden sich vorwiegend im Analbereich und können sehr schmerzhaft sein. Der behandelnde Arzt wird zunächst versuchen, die Eiterblasen zu öffnen und den Inhalt abzuleiten (Drainage). Manchmal ist aber auch eine Operation notwendig, um sie dauerhaft zu entfernen.

Tunnel im Gewebe - Fisteln
Wenn sich die Entzündung immer tiefer ins Gewebe "frisst", entstehen richtige Tunnel. Sie können eine Verbindung zu anderen Darmschlingen, zu Hohlorganen, wie der Blase oder der Scheide, oder zur Körperoberfläche herstellen. Mediziner sprechen dann von Fisteln. Über diese Fisteln kann Eiter oder Stuhl austreten, was sich etwa durch eine verschmutzte Unterwäsche bemerkbar macht. Zur Behandlung versucht man, den Eiter über Drainagefäden auszuleiten und die Fisteln heilen zu lassen. Fisteln im Analbereich können auch mit Antibiotika und Immunsuppressiva wie Azathioprin behandelt werden. Manchmal hilft aber nur ein chirurgischer Eingriff.

Engpässe im Darm - Stenosen, Ileus
Wenn die entzündlichen Veränderungen der Darmwand abheilen, verbleiben oftmals Narben. Sie können so groß sein, dass der offene Durchmesser des Verdauungstrakts eingeengt und der Transport des Nahrungsbreies verhindert wird. Man spricht dann von einem Darmverschluss oder Ileus. Auch hier schafft in der Regel nur die Operation dauerhafte Abhilfe.

Lebensbedrohliche Komplikationen
Sowohl beim Morbus Crohn, als auch bei der Colitis ulcerosa kann sich der Dickdarm massiv aufblähen. Durch die geschädigte Darmwand gelangt dann Darminhalt ins Blut und führt dort zu einer Blutvergiftung (Sepsis). Diese Komplikation wird daher toxisches Megakolon genannt. Sie geht mit heftigen Schmerzen, Fieber und Schüttelfrost einher, ist aber zum Glück sehr selten.

Ein Megakolon muss schnellstmöglich entlastet werden. Häufig wird dazu der Dickdarm (möglichst unter Schonung von Mastdarm und After) entfernt und der Dünndarm über die Bauchdecke ausgeleitet. Hat sich der Patient erholt, versucht man, die willkürliche Kontrolle der Darmfunktion über eine Verbindung zwischen Dünndarm und After wieder herzustellen.

Unter einem toxischen Megakolon aber auch aus anderen Gründen kann es zu einem Durchbruch (Darmperforation) kommen. Der Darminhalt fließt dann direkt in die Bauchhöhle und ruft dort eine gefährliche Bauchfellentzündung hervor. Das Leben des Patienten ist dann nur durch eine sofortige Operation zu retten.